המילניום החדש התחיל ברגל ימין כאשר את עונת 2000/2001 (מאמן גיא לוי) מסיימת הקבוצה במקום השלישי עם שני ניצחונות יוקרתיים במשחקי הדרבי- 0:3, ו-1:3.

בעונה לאחר מכן נקלעה הקבוצה לקשיים כלכליים וחוותה טרגדיה כאשר הבעלים רובי שפירא שם קץ לחייו ב-15 בדצמבר 2001. בסיום אותה עונה נשרה הקבוצה לליגת המשנה לאחר שבמהלכה שוחררה מרבית כוכבי הקבוצה.

בעקבות אירועי העונה הקודמת נכנסה הפועל חיפה להליך פרוק והופעלה על ידי מפרקים שבסיוע עיריית חיפה הצליחה לשוב לליגת העל בתום עונת 2003/2004. באותה העונה העפילה הקבוצה לגמר הגביע בו נוצחה 1:4 מול בני סכנין אחרי שכבר הובילה במשחק 0:1 במהלך המחצית השניה.

במהלך עונת 2004/2005 נרכשה הקבוצה על ידי יואב כץ, איש עסקים ישראלי שחי בארצות הברית ומכוכבי קבוצת הכדורסל הגדולה של המועדון בשנות השישים. בסיום עונת 2004/2005 היא נשרה לליגת המשנה. כעבור 4 עונות היא שבה לליגת העל תוך שהיא מושתתת על כוכבי קבוצת הנוער שזכתה באליפות בשנת 2006.

מאז הפועל חיפה שומרת על מקומה בליגת העל 15 עונות ברציפות (רק 5 קבוצות בליגת העל עם רצף זהה). 

בתקופה זו זכתה הקבוצה בגביע המדינה ב-2018 אחרי ניצחון מרגש בגמר 1:3 על ביתר ירושלים וכחלק מחגיגות 70 שנה להקמת המדינה. עשרת אלפים אדומים ליוו את הקבוצה לגמר הגביע וחגגו איתה את הזכיה בגביע באירוע מיוחד שקיימה עיריית חיפה לרגל הזכיה בנמל חיפה. 

בגביע הטוטו ב-2013 ובסופר קאפ (עונת 18/19) כמו כן רשמה רצף של ניצחונות/משחקים ללא הפסדים מול היריבה העירונית בין השנים 2017-2019.

בעונת 2018/2019 השתתפה הקבוצה במפעל אירופי, גביע אופ"א. בסיבוב השני אליו העפילה אוטומטית חלפה על פני FH  האיסלנדית ובסיבוב השלישי הודחה מול אטאלנטה החזקה מאיטליה.

יואב כץ ממשיך כבעלים של הקבוצה זו העונה ה-19 והוא אחד מהבעלים הותיקים ביותר בכדורגל הישראלי.

מוזמנים לצפות בההמנון הפועל חיפה – מאה שנים של אהבה.